Да, по-умолчанию переписка не шифруется. Чтобы включить шифрование, необходимо дождаться собеседника в сети и включить секретный чат. Уже существующий разговор зашифровать нельзя. Групповые чаты же вовсе не поддерживают шифрование. Также проблема для удобства использования в том, что секретные чаты не видны на других устройствах пользователя.В декабре 2015 в твиттере возник спор по поводу защищённости Telegram между Павлом Дуровым и представителями Open Whisper Systems, разработчиками защищённого мессенджера Signal, и Эдвардом Сноуденом. Представители OWS, ответили одному из пользователей твиттера, который считал, что Telegram достаточно безопасный, что тот по-умолчанию не шифрует сообщения. Сноуден добавил, что Telegram следует провести масштабное обновление, чтобы избавиться от «опасных» настроек по умолчанию.Мокси Марлинспайк — основатель OWS и создатель мессенджера Signal, ранее работавший главой отдела безопасности Twitter — подчеркнул, что существует разница между тем, как позицинирует себя Telegram и чем он является на самом деле. Главный технолог Американского союза гражданских свобод Кристофер Согоян считает, что позиционирование мессенджера с точки зрения безопасности неоправданно, поскольку компании должны думать о защите по умолчанию, а не заставлять пользователей менять настройки клиента.